Летучие ножницы на С21 режут ±4 мм по длине, со стопом было ±1

Энкодер тот же, а задача другая. На стопе энкодер просто считает длину, и линия останавливается. На летучих ножницах контроллер должен разогнать каретку до скорости полосы, совпасть с ней и отрезать в движении. Не успела каретка к нужной точке, лист короче или длиннее, и ошибка растёт со скоростью.
Нужны симптомы точнее. Порежь на 12, 16 и 20 м/мин по десять листов и замерь. Если на 12 ±1, а на 20 ±4, это разгон каретки и компенсация в контроллере. Если ошибка случайная на любой скорости, это проскальзывание ролика энкодера: смотри прижим и чистоту, на оцинковке с маслом он скользит. И проверь, сколько импульсов на оборот у энкодера, на большой скорости слабые не успевают.